Struktura instytucjonalna GDDKiA nie zmieniła się istotnie od 2002 r., mimo że od tego czasu jej zadania zostały znacznie zwiększone. Organizacja GDDKiA nie została dostosowana do pełnego zakresu zadań nałożonych na Generalnego Dyrektora. Z tego względu część zadań wynikających z przepisów ustaw nie była w ogóle wykonywana lub była realizowana nieprawidłowo. Kadra specjalistów przygotowujących i realizujących przedsięwzięcia drogowe była niewystarczająca, zarówno pod względem liczby, jak i posiadanych kwalifikacji. Nie została ona dostosowana do potrzeb wynikających z zakresu działania, długości sieci dróg objętych zarządem oraz liczby i zakresu realizowanych inwestycji drogowych. Podstawową przyczyną tego stanu była niekonkurencyjność wynagrodzeń w stosunku do przedsiębiorstw budownictwa drogowego. Średnia wysokość wynagrodzeń w GDDKiA dla połowy stanowisk nie sięgała 50 % wysokości wynagrodzenia możliwego do uzyskania wg obowiązującego taryfikatora. Zadania budownictwa drogowego, wskutek słabego nadzoru ministra właściwego ds. transportu i nieprawidłowości w przygotowaniu inwestycji, realizowane były z istotnymi opóźnieniami. W konsekwencji nie wykorzystywano w całości środków finansowych pochodzących z budżetu państwa, Krajowego Funduszu Drogowego oraz środków UE. W Ministerstwie Transportu, a następnie w Ministerstwie Infrastruktury nie wprowadzono procedur wewnętrznych określających jednoznacznie obowiązki poszczególnych departamentów w zakresie wykonywania zadań związanych ze sprawowaniem nadzoru nad GDDKiA. Budowę nowych dróg utrudniał również brak ciągłości rządowych programów budowy autostrad. Nie funkcjonował jeden program realizowany niezależnie od wahań koniunktury politycznej.